He accedido por FTP, y veo muchas carpetas.
Además, en muchas de esas carpetas no puedo escribir.
Una vez acceda le aparecerán una serie de directorios; por lo general deberá alojar todos sus archivos (imagenes, paginas…) dentro del directorio /httpdocs/ esa carpeta es su directorio raíz. Todo lo que guarde en esa carpeta se visualizará directamente en http://www.SuDominio.com/
Si pretende visualizar las páginas a través de un servidor seguro (SSL) habrá de utilizar la carpeta /httpsdocs/ (nótese la «S» de seguro). En ese caso habrá de acceder a través de https://www.SuDominio.com (nótese la «S» de seguro en https://)
Si los archivos son de tipo CGI Scripts deberá alojarlos dentro del directorio /cgi-bin/.
Muchas de las restantes carpetas son utilizadas por el servidor para hacer funcionar su configuración particular por lo que no tendrá permiso de escritura sobre ellas o su contenido.